Después que la ciudad de Guatemala se trasladó de Antigua Guatemala para el Valle de la Virgen, formándose así la Ciudad de la Nueva Guatemala de la Asunción, es la época cuando el 10 de junio de 1781 fue fundado el Colegio San José de los Infantes de la Santa Iglesia Catedral Metropolitana, por el IV Arzobispo de Guatemala, Don Cayetano Francos y Monroy. El Colegio de Infantes fue creado con carácter Catedralicio, es decir, que los alumnos debían servir como monaguillos y formar parte del coro de la Catedral, al estilo de los colegios que funcionaban en Europa.

Sus primeros alumnos fueron doce, de los cuales sólo dos no se ordenaron de sacerdotes; estos alumnos fueron seleccionados atendiendo su calidad de voz que poseían para el canto. Estos fueron los primeros “Seises” guatemaltecos, y así prosiguieron siempre en número doce, hasta que el colegio aumentó el número de sus alumnos. El primero que tuvo a su cargo la rectoría del Colegio de Infantes fue el Canónigo Don Ignacio Fernández Álvarez. El segundo rector fue el señor Canónigo Chantre, Don Isidro Sicilia, que fue el Pbro. Dr. Don Manuel Aguado, personaje de mucha valía; Dr. De la Sapiencia de Roma, catedrático de la Universidad de San Carlos de Borromeo. Prestó sus servicios de Bachiller de manera gratuita.

A Don Manuel Aguado, le siguen como Rectores del Colegio de Infantes, los siguientes Sacerdotes: Cuarto Pbro. Isidro Díaz Clemente; Quinto Pbro. Manuel Ignacio Cárcamo; Sexto Pbro. Francisco García Guillén; Séptimo Pbro. Antonio Francisco Rodríguez; Octavo Pbro. Buenaventura Rojas; Noveno Dr. Mariano García Reyes; Décimo Pbro. Serapio Contreras; Décimo Primero José Mariano Domínguez; Décimo Segundo Pbro. Máximo Gallegas; Décimo Tercero Manuel Paúl. Al Pbro. Manuel Paúl le sucede el Canónigo José A. Alvarado, quien se interesó mucho por la educación primaria en nuestro país, además, durante su rectorado se rinde por primera vez, homenaje al segundo patrono del Colegio de Infantes, quien es, Santo Dominguito de Val en 1895.

Luego nombran al Pbro. Manuel Cecilio Espinoza quien sigue con las celebraciones del segundo patrono, el día 11 de septiembre de cada año, quien mandó esculpir las imágenes de dicho santo. Luego es nombrado el Canónigo Don Pedro García, a quien sigue después el Pbro. Don Guadalupe Valenzuela. Entre estos rectores destaca el Pbro. Don Alberto Rubio y Piloña, nombrado en 1874 y fue quien consagró su vida y entusiasmo al Colegio dando esplendor al mismo, por medio del maravilloso coro y la educación. Inició grandes trabajos materiales de reforma, además dio una nueva organización a la enseñanza secundaria.

Fue durante este rectorado, cuando en el Colegio de Infantes, fue colocada la estatua del Almirante Cristóbal Colón, traída de Italia por el Rector, para las celebraciones del 12 de octubre de 1880. Esta es la primera estatua del Descubridor en Guatemala, Centroamérica y quizás en toda América. Actualmente está colocada en una hornacina en el vestíbulo del Colegio. Fomentó además las actividades religiosas, fue durante este rectorado cuando el Colegio brilló en su máximo esplendor, por lo que a este rectorado se le da el nombre de ÉPOCA DE ORO. Sus principales ideales fueron, el progreso religioso, moral científico y literario de los alumnos y es por ello que muchos de esa época llegaron a ser famosos en Guatemala. Después de la época de oro de Rubio y Piloña, que duró más de veinticinco años, fue nombrado el Pbro. Joaquín Archila y durante su rectorado fue muy famoso el coro.

En este tiempo se alcanzó un nivel muy alto en la educación del Colegio. ÉPOCA SALESIANA: Es la época del rectorado del Pbro. Don Manuel Sicker, primer rector salesiano, quien estableció la música del himno del Colegio de Infantes, hizo resurgir al Colegio en gran parte; en esta época se celebró los 150 años de fundación. ÉPOCA DE LOS MARISTAS: En 1932, los hermanos maristas reciben el Colegio de Infantes de manos del Pbro. Manuel Sicker, en buen estado, por orden del Arzobispo Don Luis Durou y Sure, quien los manda a llamar por su famosa labor educadora en otros países. Los hermanos maristas dirigen el Colegio por 20 años. Ellos venían con el fin de fundar su colegio propio, pero en lugar de ello, vinieron a hacerse cargo de este colegio que desde 150 años atrás había sido fundado, por lo que convierten el Colegio de Infantes en un Instituto Marista, cambiando sus tradiciones y costumbres por las de su congregación. Se preocuparon por tener un colegio especialmente dedicado a la sociedad más influyente, con una buena enseñanza. Debido a todas esas alteraciones de lo auténtico del colegio, Monseñor Mariano Rossel y Arellano, cambia la regencia de los Maristas, y renueva todas las tradiciones y costumbres, que se habían perdido con ellos, por lo que lo conocemos como el Restaurador Histórico del Colegio de Infantes. Los hermanos Maristas al salir del Colegio en 1953, van a fundar su propio Colegio Marista que actualmente es el Liceo Guatemala.

ÉPOCA ACTUAL: Principia con el rectorado del Pbro. Guillermo Flores y Flores, Vigésimo Noveno Rector del Colegio de Infantes, ya que los hermanos Maristas habían salido del mismo. Él toma el cargo de rector y cuando los Maristas quisieron apropiarse del nombre de “Colegio de Infantes”, y ponérselo al Colegio que habían fundado, Monseñor Mariano Rossel y Arellano y el Pbro. Guillermo Flores y Flores se dirigieron al Ministerio de Educación, para que no fuera aprobada la apropiación indebida de aquel nombre; esto fue cumplido y los Maristas nombraron al Colegio que fundaron como “Liceo Guatemala”. Este rector también diseñó el nuevo uniforme de gala que actualmente es portado por los alumnos del Colegio de Infantes. (Pantalón blanco, guerrera y keppy gris, zapatos y guantes blancos). Luego fue nombrado en 1955, como nuevo Rector, el Pbro. y Lic. Cristóbal Ramírez Monterroso, por el Excmo. Monseñor Mariano Rossel y Arellano, XV Arzobispo de Guatemala, en vista de la pérdida de los valores tradicionales del Colegio San José de los Infantes. A este rector se le debe el haber tomado y terminado la encomiable labor de reconstrucción total del colegio, que desde 1917, quedara casi destruido; el 19 de marzo de 1981, se bendijo el edificio totalmente reconstruido, con motivo del Bicentenario de la fundación del plantel. El mencionado Padre Rector impulsa mucho el desarrollo de la banda escolar, conocida como Banda de Guerra, a través de la adquisición de nuevos instrumentos. Fomenta también el folklore nacional mediante el conjunto marimbístico del colegio, además de valiosos esfuerzos en pro del deporte del colegio. Posteriormente fundó también la Banda Marcial en 1984.

Durante del período de rectorado del Padre Ramírez M., el colegio fue declarado Monumento Nacional, el 11 de octubre de 1968. También le fue conferida al plantel la Orden del Quetzal en grado de Gran Cruz, el 17 de octubre de 1972, en reconocimiento a la noble labor en su larga trayectoria que ha tenido en el campo de la educación. El 24 de marzo de 1981, en sesión del Organismo Legislativo por votación unánime, se declaró el año de 1981, “AÑO BICENTENARIO DEL COLEGIO SAN JOSÉ DE LOS INFANTES”.En 1968, con motivo del inicio de los trabajos de restauración total del edificio, el espacio para aulas quedó limitado en la mitad, por ello el Rector Cristóbal Ramírez estableció doble jornada de trabajo, para poder servir a todos los alumnos inscritos: jornada matutina para el nivel primario, jornada vespertina para el ciclo básico y bachillerato en ciencias y letras. Al terminarse la reconstrucción, continuó la jornada doble, por el aumento de inscripciones de alumnos. El Rector P. Ramírez con el propósito de servir al gran número de solicitudes de inscripción, ensanchó el número de aulas en dos edificios anexos al Colegio Central. El primero en la 8ª. Avenida, 8-14, donde comenzó a funcionar el nivel pre-primario, en el segundo piso, y luego sólo la academia de mecanografía. En el tercer piso fueron instalados laboratorios de Física, Química y Biología.

l segundo anexo está situado en la 8ª. Avenida 9-60, zona 1. Este edificio fue reacondicionado por un arquitecto de la manera más adecuada para el nivel pre-primario, (párvulos y preparatoria), y además primeros y segundos grados con varias secciones, más una sección de tercero, todos del nivel primario. Además, el P. Ramírez, preocupado por el desarrollo físico de los alumnos, a través de los buenos oficios del Tesorero de la Arquidiócesis, Monseñor Tomás Barrios, obtuvo la anuencia del señor Arzobispo, Monseñor Próspero Penados del Barrios para que el Colegio de Infantes usufructúe un área amplia en el terreno del Seminario de la Arquidiócesis de Guatemala, espacio de campo donde se principió a construir en marzo de 1988, instalaciones adecuadas técnicamente para la educación física y los principales deportes. Esta obra ya está en su fase final. El área mencionada se ubica al poniente de “Aldeas Infantiles” y al sur de “Fraternidad Misionera de María”, calle de por medio, zona 7 (zona 3 de Mixco). Otra disposición del Señor Arzobispo Metropolitano, Monseñor Próspero Penados del Barrio a favor del Colegio de Infantes en 1989 fue la autorización a efecto de que en la misma área del Complejo Deportivo, se construyera con fondos del colegio, ahorrados por el Rector P. Cristóbal Ramírez, dos módulos para doce aulas. Según el proyecto aprobado por el Señor Arzobispo, serían trasladados a estas instalaciones los niños de párvulos, preparatoria y primeros y segundos de primaria, que en ese entonces estudiaban en el anexo de la 8ª. Avenida 9-60 de la zona 1. Esas aulas nuevas serían plenamente funcionales en sentido pedagógico y con la ventaja de las instalaciones deportivas y recreativas a la mano. Dicho proyecto iniciaría para el ciclo escolar 1990.